Im Juni 1998 brach ein bewaffneter Kampf aus zwischen dem Pr�sidenten Nino Vieira, der von Truppen aus dem Senegal und Guinea-Conakry unterst�tzt wurde und dem Generalstabschef Ansumane Mane, den 80% der nationalen Armee und ein bedeutender Teil der Bev�lkerung unterst�tzte. Ursache waren innere Konflikte der Regierung.
Die Bilanz des Konflikts war schlimm: Hunderte get�teter Zivilisten und mehr als 100 000 Fl�chtlinge. Im Juni 1999 besiegten die Truppen General Manes die Truppen des Pr�sidenten Vieira, nachdem sich die senegalesischen Truppen und die aus Guinea-Conakry zu Hilfe gesandten Truppen zur�ckgezogen hatten. Der Pr�sident musste ins Exil gehen.
Ende 1999 gab es Wahlen (Dezember 1999) sowie Pr�sidentschaftswahlen (Januar 2000) und eine Entwicklung zu einem demokratischeren System hin begann, die jedoch durch einen weiteren Versuch zum Staatsstreich noch im selben Jahr 2000 wieder ersch�ttert wurde.

Seit dem B�rgerkrieg hat sich die Situation des Landes verschlechtert. Weite Teile der Hauptstadt sind zerst�rt oder stark besch�digt. Telefonleitungen sind au�er Betrieb, ein Erntejahr ist verloren, das schwer bombardierte Hauptkrankenhaus funktioniert nicht mehr. Auch das Krankenhaus "Raoul Follerau - Gemeinschaft Sant'Egidio" ist im Krieg bombardiert und von Soldaten besetzt worden. Die Anlage ist vielerorts stark besch�digt worden, wie Bilder zeigen.
Insgesamt ist daher die soziale, aber auch sanit�re Situation des Landes besonders problematisch, weil genau die Strukturen zerst�rt worden sind, die auch vorher schon mangelhaft gewesen waren. So ist die Verbindung zu den Nachbarl�ndern behindert, da der Flughafen nur tags�ber arbeitet, das Eisenbahnnetz ungen�gend ausgebaut ist und der Hafen teilweise besch�digt ist.