È stato ordinato sacerdote il 26 settembre 1970. Ha compiuto la formazione sacerdotale prima presso il Pontificio Seminario Regionale Umbro e successivamente presso il Pontificio Istituto Biblico dove è stato allievo di Carlo Maria Martini. In seguito è stato docente di sacra scrittura nell'Istituto Teologico di Assisi. Durante il suo ministero sacerdotale ha ricoperto vari altri incarichi tra i quali spicca il ruolo di direttore dell'Ufficio Catechistico Nazionale, sottosegretario della Conferenza Episcopale Italiana e organizzatore della Giornata Mondiale della Gioventù di Roma in occasione del grande Giubileo del 2000. È stato nominato da papa Giovanni Paolo II segretario generale della CEI il 5 aprile 2001 e, allo stesso tempo, vescovo titolare di Falerone. Ha rivestito gli incarichi di presidente della Commissione Presbiterale Italiana, presidente del Centro Universitario Cattolico e presidente del consiglio di amministrazione della Fondazione di Religione Santi Francesco d'Assisi e Caterina da Siena. Il 6 aprile 2006 papa Benedetto XVI lo ha riconfermato nell'incarico di segretario generale della CEI, per un ulteriore quinquennio. L'8 settembre 2008 lo stesso papa lo ha nominato arcivescovo di Firenze. Il 29 giugno 2009 papa Benedetto XVI gli ha concesso il pallio, segno distintivo degli arcivescovi metropoliti. È presidente della Conferenza episcopale toscana dal 10 febbraio 2009. Papa Benedetto XVI lo ha creato cardinale nel concistoro del 18 febbraio 2012, assegnandogli il titolo di San Marcello. Il 17 maggio 2014 papa Francesco lo ha nominato membro del Pontificio Consiglio per i Laici. Il 9 giugno lo stesso papa lo ha nominato membro della Congregazione per il Clero.
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