Nel giugno 1998, in seguito a conflitti interni al governo, inizia un confronto armato tra il Presidente Nino Vieira, sostenuto dalle truppe del Senegal e della Guinea Conakry, ed il capo di Stato Maggiore Generale Ansumane Manè sostenuto dall'80% dell'esercito nazionale e da buona parte della popolazione.
Gli esiti del conflitto sono drammatici: centinaia di morti -anche tra la popolazione civile- e più di 100.000 profughi. Nel giugno del 1999, dopo il ritiro dell'esercito senegalese e guineano di Conakry, le truppe ribelli del Generale Manè riescono a sconfiggere definitivamente le truppe fedeli al Presidente Vieira che è costretto all'esilio.
Alla fine del 1999 si avvia il processo di sviluppo democratico del paese con lo svolgimento delle elezioni politiche (dicembre 1999) e presidenziali (gennaio del 2000), turbato da un ulteriore tentativo di colpo di stato alla fine del 2000.

Dopo il conflitto civile, la situazione del paese, già fragile, è ulteriormente precipitata: gran parte della capitale è distrutta o gravemente danneggiata, le linee telefoniche sono inattive o funzionano in maniera discontinua, un anno di raccolto è andato perduto, l'ospedale centrale che ha subito un forte bombardamento, è inattivo.
Anche l'ospedale R. Follereau - Comunità di Sant'Egidio viene bombardato ed occupato dai militari. La struttura viene gravemente danneggiata e distrutta in più punti, come si può vedere nelle immagini.


La situazione sociale e sanitaria è quindi particolarmente difficile, a causa della distruzione di tutte le strutture, già carenti prima della guerra civile. Anche i collegamenti con i paesi vicini si presentano problematici: l'aeroporto funziona solo di giorno, la rete viaria è insufficiente ed il porto è parzialmente danneggiato.