L'ospedale non è stato risparmiato dal conflitto: alcuni pazienti e membri del personale dell'ospedale hanno perduto la vita durante le operazioni di evacuazione dei pazienti più gravi che sono stati trasferiti nell'ospedale di Cumura a 30 km da Bissau subito dopo l'inizio delle ostilità.
Infatti, nell'autunno del 1998, soltanto un anno dopo l'inizio della gestione della Comunità, l'ospedale è stato sequestrato dall'esercito senegalese che ne ha fatto il proprio quartier generale. Situato non lontano dal centro città, sulla strada che conduce all'aeroporto, l'edificio si è trovato proprio sulla linea del fronte di combattimento, ed è stato bombardato più volte.
I reparti, i laboratori e gli ambulatori sono stati distrutti.

Tutta la strumentazione, le suppellettili e le attrezzature sono state messe fuori uso. Anche il sistema di approvvigionamento idrico, di smaltimento delle acque ed i servizi igienici sono stati completamente compromessi.
Il fatto più preoccupante è che l'ospedale ha subito gravi danni strutturali. Ciò significa che per riabilitarlo occorre abbattere e ricostruire circa il 20% della struttura, mentre il restante 80% deve subire una radicale ristrutturazione. Parte dei danni va ascritta, oltre che ai colpi di artiglieria ed alla presenza per numerose settimane dei soldati, alla pioggia che, in assenza di copertura, si è potuta infiltrare liberamente per molti mesi nelle strutture portanti dell'ospedale.

La Comunità di Sant'Egidio si impegnata nella ricerca dei fondi necessari alla ricostruzione e la riabilitazione dell'ospedale e la ricostruzione degli edifici è cominciata nel settembre del 2000.