Dopo i primi studi compiuti ad Imbro, frequentò il Liceo-ginnasio Zografeio di Istanbul (l'antica Costantinopoli) per poi entrare successivamente alla facoltà teologica di Chalki conseguendo la laurea magna cum laude in teologia.

Il 13 agosto 1961 diventò diacono. Dal 1961 al 1963 prestò servizio militare con il grado di sottotenente. Dal 1963 al 1968, grazie a borse di studio del patriarcato ecumenico, poté ottenere diplomi di specializzazione post-universitari presso l'Istituto Orientale dell'Università Gregoriana di Roma, l'Istituto Ecumenico di Bossey in Svizzera e l'Università di Monaco di Baviera.

Conseguì poi un dottorato all'Università Gregoriana di Roma discutendo una tesi sulla codificazione dei canoni e dei decreti canonici nella Chiesa ortodossa.

Conosce il greco, il turco, il latino, l'italiano, il francese, l'inglese e il tedesco.

 

Ritornato a Istanbul nel 1968, fu nominato vice-rettore della facoltà teologica di Chalki.

Il 19 ottobre 1969 venne ordinato presbitero. Dopo solo sei mesi, il patriarca ecumenico Atenagora di Costantinopoli, gli conferì la carica di archimandrita.

Nel 1972, dopo la morte del patriarca Atenagora, divenne patriarca ecumenico Demetrio di Costantinopoli. Quest'ultimo creò un ufficio patriarcale di cui, il giorno di Natale del 1973, Bartolomeo fu nominato direttore. Bartolomeo mantenne questa carica fino al gennaio del 1990 quando fu eletto metropolita di Calcedonia.

Dal marzo 1974 e fino alla sua elezione al trono patriarcale (avvenuta nel 1991), è stato membro del santo sinodo, e anche di diverse commissioni sinodali. Nel 1990 dopo la morte del metropolita Melitone di Calcedonia, Bartolomeo prese il suo posto.

 

Il 22 ottobre 1991 dopo la morte del patriarca Demetrio venne eletto dal santo sinodo, arcivescovo di Costantinopoli e patriarca ecumenico, cariche che furono assunte di fatto il 2 novembre.

 

Nel 16 Aprile 2016 visitò, insieme al Papa Francesco e all'Archivescovo di Atene e di tutta la Grecia Ieronimos, il campo di Mòrias all'isola di Lesbo, per sensibilizzare l'opinione pubblica sul problema dei profughi. I tre leader cristiani hanno firmato una dichiarazione congiunta.